COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-24 17:00:00 15.522896 15.522896 15.053288
2021-02-23 17:00:00 14.933375 14.933375 14.843602
2021-02-22 17:00:00 16.860720 16.860720 14.646698
2021-02-21 17:00:00 13.928205 13.928205 14.495041
2021-02-20 17:00:00 14.616740 14.616740 14.380014
2021-02-19 17:00:00 16.313776 16.313776 14.297204
2021-02-18 17:00:00 14.042714 14.042714 14.224806

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-24 17:00:00 11.334746 11.334746 11.376774
2021-02-23 17:00:00 10.956108 16.400136 11.408618
2021-02-22 17:00:00 4.696280 8.255910 11.442482
2021-02-21 17:00:00 5.152105 11.993324 11.474632
2021-02-20 17:00:00 10.325507 10.325507 11.491347
2021-02-19 17:00:00 20.000000 11.778732 11.427613
2021-02-18 17:00:00 11.185890 11.185890 11.489111

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-24 17:00:00 18.281938 18.281938 13.526332
2021-02-23 17:00:00 15.961945 15.961945 13.502723
2021-02-22 17:00:00 18.222222 5.448505 13.534907
2021-02-21 17:00:00 9.878419 9.878419 13.567334
2021-02-20 17:00:00 11.578947 11.578947 13.591803
2021-02-19 17:00:00 13.478692 20.668693 13.744056
2021-02-18 17:00:00 13.619632 13.619632 14.026611

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-24 17:00:00 11.834823 8.549158 7.992716
2021-02-23 17:00:00 5.814536 5.814536 7.918827
2021-02-22 17:00:00 12.102564 5.934121 7.992035
2021-02-21 17:00:00 8.709016 8.709016 7.986680
2021-02-20 17:00:00 11.145194 11.145194 8.090832
2021-02-19 17:00:00 8.903421 8.903421 7.963225
2021-02-18 17:00:00 8.345902 8.345902 7.924323

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-24 17:00:00 16.280456 11.888086 13.148240
2021-02-23 17:00:00 35.623915 11.532284 13.142592
2021-02-22 17:00:00 17.385016 22.765404 13.132927
2021-02-21 17:00:00 12.256968 12.256968 13.027794
2021-02-20 17:00:00 11.825682 11.825682 13.024086
2021-02-19 17:00:00 14.312284 14.312284 13.055379
2021-02-18 17:00:00 12.093488 12.093488 13.076254

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-24 17:00:00 22.643605 22.643605 29.227211
2021-02-23 17:00:00 34.187298 34.187298 28.374603
2021-02-22 17:00:00 51.291308 33.041145 28.083203
2021-02-21 17:00:00 34.037861 34.037861 27.823917
2021-02-20 17:00:00 26.523077 26.523077 27.621844
2021-02-19 17:00:00 36.260454 36.260454 27.455007
2021-02-18 17:00:00 27.043373 27.043373 27.138642

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-24 17:00:00 15.978399 9.434562 12.066891
2021-02-23 17:00:00 10.841206 10.841206 12.031097
2021-02-22 17:00:00 17.726161 17.726161 12.060915
2021-02-21 17:00:00 18.020305 18.020305 12.046073
2021-02-20 17:00:00 11.172036 11.172036 12.133422
2021-02-19 17:00:00 13.976555 13.976555 12.206210
2021-02-18 17:00:00 10.405083 10.405083 12.403818

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-24 17:00:00 5.912213 4.755151 5.393618
2021-02-23 17:00:00 4.410160 4.410160 5.386052
2021-02-22 17:00:00 10.667000 5.114385 5.362198
2021-02-21 17:00:00 7.537399 7.537399 5.369403
2021-02-20 17:00:00 5.176484 5.176484 5.407167
2021-02-19 17:00:00 6.075110 6.075110 5.448480
2021-02-18 17:00:00 5.994152 5.994152 5.515095

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-24 17:00:00 10.074231 10.074231 10.704972
2021-02-23 17:00:00 12.110617 12.110617 10.605714
2021-02-22 17:00:00 10.104012 5.118555 10.463037
2021-02-21 17:00:00 14.785992 14.785992 10.447808
2021-02-20 17:00:00 13.986827 13.986827 10.478317
2021-02-19 17:00:00 10.103245 10.103245 10.540938
2021-02-18 17:00:00 10.943644 10.943644 10.621362

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-24 17:00:00 26.376604 26.376604 24.795474
2021-02-23 17:00:00 26.165858 26.165858 24.607436
2021-02-22 17:00:00 22.343773 22.343773 24.373497
2021-02-21 17:00:00 22.186921 22.186921 24.082321
2021-02-20 17:00:00 21.644680 21.644680 23.867178
2021-02-19 17:00:00 23.476013 37.110115 23.597842
2021-02-18 17:00:00 21.926796 21.926796 23.254186

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-24 17:00:00 17.721519 17.721519 14.419258
2021-02-23 17:00:00 11.756374 16.681022 14.037967
2021-02-22 17:00:00 22.328244 14.025004 13.364430
2021-02-21 17:00:00 11.940299 11.940299 13.138740
2021-02-20 17:00:00 14.463247 14.463247 12.761789
2021-02-19 17:00:00 15.606012 15.606012 12.593469
2021-02-18 17:00:00 10.652783 10.652783 12.502476

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-24 17:00:00 9.090909 9.090909 9.079136
2021-02-23 17:00:00 8.049536 2.765957 8.784921
2021-02-22 17:00:00 12.241888 12.241888 8.647541
2021-02-21 17:00:00 7.127660 7.127660 8.661147
2021-02-20 17:00:00 8.976834 8.976834 8.631621
2021-02-19 17:00:00 13.652695 13.652695 8.686432
2021-02-18 17:00:00 13.209220 13.209220 8.740287

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-24 17:00:00 80.498866 80.498866 76.819404
2021-02-23 17:00:00 114.024390 114.024390 77.429158
2021-02-22 17:00:00 62.033898 62.033898 76.227548
2021-02-21 17:00:00 59.280303 59.280303 75.124536
2021-02-20 17:00:00 72.272727 72.272727 75.888511
2021-02-19 17:00:00 89.267462 89.267462 76.389359
2021-02-18 17:00:00 71.556886 71.556886 77.447985

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-24 17:00:00 88.366337 88.366337 84.402421
2021-02-23 17:00:00 75.570033 75.570033 83.376948
2021-02-22 17:00:00 28.037383 120.327103 84.905580
2021-02-21 17:00:00 77.083333 77.083333 84.259633
2021-02-20 17:00:00 76.847291 76.847291 83.264093
2021-02-19 17:00:00 77.575758 77.575758 82.985812
2021-02-18 17:00:00 95.424837 95.424837 81.847909

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-24 17:00:00 18.205739 11.032452 14.017892
2021-02-23 17:00:00 13.337679 13.337679 14.055170
2021-02-22 17:00:00 19.126010 19.126010 13.804464
2021-02-21 17:00:00 14.354752 14.354752 13.779391
2021-02-20 17:00:00 13.439916 13.439916 13.718619
2021-02-19 17:00:00 17.231378 17.231378 13.754779
2021-02-18 17:00:00 14.069082 14.069082 13.599402

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-24 17:00:00 22.589469 19.580579 22.162347
2021-02-23 17:00:00 14.436064 20.782828 21.678849
2021-02-22 17:00:00 13.557312 32.944664 21.606801
2021-02-21 17:00:00 45.038622 19.331803 21.389389
2021-02-20 17:00:00 23.494289 23.494289 21.488119
2021-02-19 17:00:00 22.290232 22.290232 21.613078
2021-02-18 17:00:00 20.327553 20.327553 22.164734

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-24 17:00:00 3.225806 3.225806 3.821742
2021-02-23 17:00:00 2.279340 2.279340 3.800034
2021-02-22 17:00:00 8.555556 8.555556 3.845935
2021-02-21 17:00:00 2.584182 2.584182 3.942465
2021-02-20 17:00:00 3.935310 3.935310 3.969801
2021-02-19 17:00:00 2.328042 2.328042 4.009235
2021-02-18 17:00:00 6.765900 6.765900 4.061651

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-24 17:00:00 10.662994 9.108794 9.001018
2021-02-23 17:00:00 9.040000 9.040000 9.119300
2021-02-22 17:00:00 9.325487 9.325487 8.956193
2021-02-21 17:00:00 8.808401 8.808401 8.924346
2021-02-20 17:00:00 10.315560 10.315560 8.973984
2021-02-19 17:00:00 8.092698 8.092698 8.949449
2021-02-18 17:00:00 8.450704 8.450704 9.121617

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-24 17:00:00 8.574287 8.574287 9.070443
2021-02-23 17:00:00 9.122108 9.122108 8.879738
2021-02-22 17:00:00 14.317146 14.317146 8.823199
2021-02-21 17:00:00 8.552748 8.552748 8.698771
2021-02-20 17:00:00 8.324598 8.324598 8.565260
2021-02-19 17:00:00 8.340103 8.340103 8.435355
2021-02-18 17:00:00 8.396276 8.396276 8.286136

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-24 17:00:00 27.443609 27.443609 28.692612
2021-02-23 17:00:00 23.165340 23.165340 28.435675
2021-02-22 17:00:00 70.802920 26.787417 28.569517
2021-02-21 17:00:00 25.738799 25.738799 28.516689
2021-02-20 17:00:00 38.453390 38.453390 28.417531
2021-02-19 17:00:00 28.693994 28.693994 28.661834
2021-02-18 17:00:00 32.254803 32.254803 28.359996

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-24 17:00:00 11.965812 11.965812 7.622316
2021-02-23 17:00:00 2.898551 2.898551 7.386008
2021-02-22 17:00:00 43.750000 11.864407 7.477982
2021-02-21 17:00:00 3.968254 3.968254 7.376338
2021-02-20 17:00:00 3.361345 3.361345 7.460614
2021-02-19 17:00:00 4.597701 7.407407 7.580372
2021-02-18 17:00:00 11.224490 11.224490 7.726384

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-24 17:00:00 27.022947 27.022947 26.965351
2021-02-23 17:00:00 35.878378 35.878378 26.590683
2021-02-22 17:00:00 30.829800 30.829800 26.281215
2021-02-21 17:00:00 14.265845 25.308424 25.886732
2021-02-20 17:00:00 36.837430 19.928931 25.639943
2021-02-19 17:00:00 inf 24.252492 25.511743
2021-02-18 17:00:00 30.647059 30.647059 25.251324

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 11.334746 11.334746 11.376774
Basilicata 18.281938 18.281938 13.526332
Calabria 11.834823 8.549158 7.992716
Campania 16.280456 11.888086 13.148240
Emilia-Romagna 22.643605 22.643605 29.227211
Friuli Venezia Giulia 15.978399 9.434562 12.066891
Lazio 5.912213 4.755151 5.393618
Liguria 10.074231 10.074231 10.704972
Lombardia 26.376604 26.376604 24.795474
Marche 17.721519 17.721519 14.419258
Molise 9.090909 9.090909 9.079136
P.A. Bolzano 80.498866 80.498866 76.819404
P.A. Trento 88.366337 88.366337 84.402421
Piemonte 18.205739 11.032452 14.017892
Puglia 22.589469 19.580579 22.162347
Sardegna 3.225806 3.225806 3.821742
Sicilia 10.662994 9.108794 9.001018
Toscana 8.574287 8.574287 9.070443
Umbria 27.443609 27.443609 28.692612
Valle d'Aosta 11.965812 11.965812 7.622316
Veneto 27.022947 27.022947 26.965351

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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